对虾发病原因可以分为内因和外因。外因包括水质、底质优良状况和对虾塘口的饲养管理好坏；底质、水质乃至天气的变化或恶化，温度、盐度、溶解氧、pH值、透明度、氨氮、亚硝酸盐、余氯、硫化氢、总碱度、总硬度、菌相、藻相、虫相、溶解有机质、氧化还原电位、转风、骤雨、起雾、酷热、台风等；遇到上述的情况，要快速查明原因要及时处理，如在短时间搞不清楚原因的，要先大量使用解毒、抗应激产品，暂时缓解，再迅速查找。
病原微生物的侵袭，包括病毒、细菌、原生动物、真菌和寄生虫等。病原体的侵袭是对虾发病和死亡的重要原因之一；病原微生物侵入对虾体内需要很多的条件，首先得有传染源和传染途径，病原微生物进入水体再进入虾体，是否是通过换水或水质恶化、天气变化导致的，比如：弧菌的爆发；而有些病毒性疾病则需要合适的温度，及对虾体质的下降时才可引发疾病，比如：对虾白斑病病毒、桃拉病毒等；而有些疾病的爆发可能种虾已经感染，而后有导致幼虾的垂直传播，比如：对虾肝肠孢子虫等；而在水质或底质恶化的同时，也会导致很多寄生虫的生长和繁殖，比如：对虾纤毛虫。
对虾的日常管理非常重要，水质和底质的管理最为重要，通过向水体中大量补充有益菌的分解水中生过多的有机质，防止有害藻类生长和繁殖，同时也可以提高水体对外界的缓冲能力；定期的消毒和改底，消除水体中有害病原，缺少底质恶化的机率；在放苗前对苗种进行检测，防止有害病菌或寄生虫的感染。
