随着水产集约化养殖的发展，环境问题和水产质量安全问题日益突出。水产养殖管理模式需要极大的改变，抗生素的滥用和药物的残留对水环境的影响巨大；随着微生物学的发展，为了改善水产养殖水环境和调节养殖动物的体质，大量的微生物制品开始用于水产养殖。
微生物在生态防病中的运用非常广泛，包括有益菌的使用以及生物絮团技术的推广，用于调节养殖水体的水质和构建一种新的养殖模式。当微生物在水体和养殖动物体内均达到一定数量时，就会对养殖动物的身体健康产生有益的作用，在生产养殖中常用的有益菌有：芽孢菌、光合菌、乳酸菌等，这些有益菌主要通过改善水质促进养殖动物的生长，提高养殖动物的抗病能力，都起到了很大的作用。
特别是芽孢菌能够快速的降解和转化水体中大量的有机质，包括投喂的残饵、粪便和死亡的藻类，是一种被公认最有效更高效的有益菌；地衣芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌是芽孢菌运用最广泛的两种菌，同时芽孢菌对养殖环境中的异养细菌和弧菌都有一定的抑 *** 用，有利于维护菌藻平衡，净化水质。使用含有芽孢菌的生物底改产品，底质中的细菌种类就会发生改变，好氧细菌的数量有所增加，弧菌和其他有害菌的数量相对减少。
光合细菌不仅在分解有机质方面作用强大，同时可以有效降解水中氨氮、亚盐、硫化氢等理化指标，光合菌自身含有大量的菌体蛋白可以作为优质的饲料添加剂使用。乳酸菌不仅可以促进水体有机质的分解，同时也可以拌料来抑制肠道内有害菌的生长和繁殖，促进多种有益菌在肠道内定植对营养物质的消化。丁酸菌在肠道内定植后，生长和繁殖的过程中能够产生丁酸，丁酸作为肠道黏膜细胞的营养物质，可以修复肠道粘膜， *** 肠粘膜的发育，抑制有害菌；作为新型的有益菌类定期在饲料中添加，减少水产养殖动物肠炎的发生，同时也可以促进营养物质的吸收。
