乙肝患者在抗病毒之初，考虑选择核苷类药或干扰素时，应了解双方的优缺点。例如，乙肝患者应用核苷类药物时，懂得核苷类药物无法提高自身免疫，即在长期用药后转为乙肝小二阳，一旦停药容易复发。
慢乙肝干扰素知识，用药周期短与持续应答，但不良反应较为常见
所以，小番健康提醒，核苷类药物提倡长期应用，若乙肝大三阳转为小三阳后，仍需继续延长核苷类药物应用。目的是促进e抗原转阴，e抗体转阳的稳定性，避免小三阳再度转为乙肝大三阳，这就是核苷类药物在乙肝患者抗病毒治疗的终点，即保证长期e抗原转阴。
相较于核苷类药物，干扰素的治疗终点则有所不同，干扰素治疗提倡清除乙肝病毒抗原，兼具调节乙肝患者的免疫功能作用。在通过干扰素治疗后的乙肝大三阳，日后复发率也相对于核苷类药要低。乙肝患者在区分核苷类药物与干扰素时，可以通过干扰素停药后，由于干扰素具有激发人体免疫功能作用，停服后人体免疫细胞仍可以继续抑制乙肝病毒。
以上为干扰素治疗的优点之一，即干扰素能够更大限度的抑制乙肝病毒复制，同时兼具激发人体免疫细胞清除乙肝病毒抗原。干扰素用药周期通常为6-12个月，通过对乙肝病毒宿主产生免疫，发生耐药与病毒变异较少，e抗原血清学转化率较高，还有一部分可实现表面抗原血清转换，对乙肝患者体内乙肝病毒能够持续应答。
干扰素治疗有两项不足，其一为应用期间所产的不良反应较为常见；其二为皮下注射给药。在抗病毒治疗前期，乙肝患者选择哪一种抗病毒药物进行治疗，应有个体差异，综合乙肝患者的自身意愿，充分了解核苷类药与干扰素的优缺点，由临床医生制定个性化治疗方案。
原则上抗病毒治疗终点并非e抗原转阴，e抗体转阳。一部分乙肝患者e抗体迟迟未能出现，也是抗病毒治疗难点之一，相较于抗病毒后e抗体未出现，还是出现e抗体的情况较为乐观。
